Kisshomaru Ueshiba nacque il 27 giugno del 1921, quarto figlio del Grande Maestro Ueshiba Morihei, fondatore dell'Aikido, e unico figlio maschio sopravvissuto alle terribili epidemie di quegli anni.

Sul finire degli anni 30 inizió ad apparire come uke del Fondatore nelle pubbliche manifestazioni e nelle rare pubblicazioni tecniche dell'epoca. Terminava intanto i suoi studi universitari, laureandosi in Economia all'Università Waseda di Tokyo nel 1942.

Durante gli anni difficili della guerra assunse la responsabilità dell'Hombu-Dojo, e fu lui ad coordinare la difficile opera di ricostruzione del dopoguerra: le arti marziali erano state messe al bando dalle forze di occupazione ed il Doshu dovette ospitare presso l'Hombu Dojo, forzatamente inattivo, centinaia di sfollati. A partire dal 1948 gradualmente le attività di insegnamento ripresero, ma per circa 10 anni rimasero concentrate sul rafforzamento dell'Hombu Dojo. 

Solo sul finire degli anni 50 inizió anche una incessante opera di diffusione dell'Aikido, inizialmente su scala nazionale e poi, negli anni 60, con l'invio all'estero dei migliori allievi dell'Hombu Dojo in qualità di rappresentanti ufficiali, che diedero vita ai vari Aikikai nazionali.  Di quell'epoca anche la ricostruzione dalle fondamenta dell'Hombu Dojo, che il fondatore , O Sensei Morihei Ueshiba, ebbe appena il tempo di vedere completato prima della sua scomparsa, nell'aprile del 1969.

Kisshomaru Ueshiba divenne allora il secondo Doshu (guida) del movimento aikidoistico mondiale, e da questo momento intraprese una ambiziosa quanto fortunata opera di diffusione a scala mondiale dell'aikido, che non conobbe soste fino al momento della sua morte, sopravvenuta nel gennaio del 1999.

Non trascuró di dare una maggiore profondità culturale alla pratica: oltre ai numerosi ed autorevoli articoli da lui pubblicati, sue sono le opere fondamentali sull'aikido, sia che trattino di tecnica, sia del retroterra filosofico e morale dell'arte, sia della vita e del pensiero di vita del fondatore. Alcune sue opere sono state tradotte in italiano e pubblicate dalle Edizioni Mediterranee, prima tra tutti Lo Spirito dell'Aikido.

Nel 1975 diede impulso alla nascita della IAF, International Aikido Federation, ed intraprese una lunga serie di viaggi per tutto il mondo, visitando pressoché tutte le associazioni nazionali riconosciute dall'Hombu Dojo.